נולד לפייגא ולרבי אשר מסטולין (הראשון), בנו של רבי אהרן הגדול מקרלין, מייסד החסידות.
נישא לחוה בתו של רבי מרדכי מקרמניץ שהיה בנו של רבי יחיאל מיכל מזלוטשוב.
בשנת תקפ"ז, בהיותו בן 25 שנה, התמנה לאדמו"ר בקרלין במקום אביו. בשנת תרכ"ד עבר להתגורר בעיירה סטולין הסמוכה.
רבי אהרן מקרלין נפטר בי"ז בסיוון ה'תרל"ב בצאת השבת שעה שהחסידים היו בסעודה שלישית. בדרכו לחתונת נכדתו ונקבר בעיירה מאלינוב שבוואהלין.
בית אהרן